A Procuradoria da Comarca é constituída por diversos departamentos que dela dependem hierarquicamente:
— A Procuradoria da Instância Central Cível e Criminal, à qual se encontra afeto um Magistrado com a categoria de Procurador da República e ao qual incumbem funções de representação do Ministério Público/MP (preparação, acompanhamento e intervenção nos processos em fase de julgamento e, eventualmente na fase de recurso).
— A Procuradoria da Instância Central de Família e Menores, à qual se encontra afeto um Magistrado com a categoria de Procurador da República e ao qual incumbem funções de orientação e fiscalização do trabalho do MP na área de família e menores, representar o MP nas diligências e nas audiências de julgamento, assegurar a tramitação de todos os processos relativos a essa jurisdição e representar o MP nas comissões de proteção das crianças e jovens da Comarca de Beja.
— A Procuradoria da Instância Central do Trabalho, à qual se encontra afeto um Magistrado com a categoria de Procurador da República e ao qual incumbem funções de orientação e fiscalização do exercício da ação do MP na jurisdição laboral, assegurando a representação do MP nas diligências e nas audiências de julgamento em que deva estar presente, bem como a tramitação de todos os processos relativos à jurisdição laboral.
A competência destes departamentos estende-se a toda a Comarca, com exceção da jurisdição de família e menores da unidade orgânica de Odemira.
Além destes departamentos, existe em cada instância local uma Procuradoria — dirigida por um Magistrado com a categoria de Procurador-Adjunto — que assegura a tramitação de todos os processos (cíveis e criminais que não sejam da competência da instância central), representa o MP nas audiências de julgamento, orienta e dirige a investigação criminal, tramitando os inquéritos e exercendo as demais competências previstas na lei para os Procuradores-Adjuntos.
Com exceção das Procuradorias de Beja (três Procuradores-Adjuntos) e Odemira (dois Procuradores-Adjuntos), o quadro de cada uma das restantes Procuradorias é de apenas um Magistrado.
Cada Procuradoria possui um quadro de funcionários próprio que coadjuva o Magistrado no exercício das suas funções.